新型コロナウイルスに関するQ&A（企業の方向け）令和2年3月6日版にて、変形労働時間制、36協定の特別条項などについて詳しく記載されていますのでご参照ください。
５ その他（変形労働時間制、36協定の特別条項など）
問１ 新型コロナウイルス感染症の対策のため、イベントの中止や学校の休業、事業活動の閉鎖や縮小などの影響を受けて、労働時間が減少してしまうことや、休む従業員が増えたときに残りの従業員が多く働かないとならない事態が考えられます。その人達について、労働基準法の労働時間の上限を超えないようにするため、変形労働時間制を導入したり、変更したりするにはどうしたらよいでしょうか。
問２ 36協定においては、臨時的な特別の事情があって労使が合意する場合（特別条項）には、限度時間（月 45 時間・年 360 時間）を超えることができるとされていますが、新型コロナウイルス感染症関連で、休む従業員が増えたときに残りの従業員が多く働くこととなった場合には、特別条項の対象となるのでしょうか。
問３ 新型コロナウイルスの感染の防止や感染者の看護等のために労働者が働く場合、労働基準法第33条第１項の「災害その他避けることができない事由によって、臨時の必要がある場合」に該当するでしょうか。
問４ 労働安全衛生法第68条に基づく病者の就業禁止の措置を講ずる必要はありますか。
問５ 新型コロナウイルス感染症の拡大防止のため、労働安全衛生法に基づく健康診断の実施を延期するといった対応は可能でしょうか。
問６ 新型コロナウイルス感染症の拡大防止のため、従業員が集まる会議等を中止していますが、労働安全衛生法に基づく安全委員会等の開催については、どのように対応すればよいでしょうか。
■新型コロナウイルスに関するQ&A（企業の方向け） 令和2年3月6日版
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/dengue_fever_qa_00007.html